Výzkum v roce 1999
Od roku 1999 na hradě probíhají předstihové a záchranné výzkumy v souvislosti s činností Sdružení pro ochranu kulturního dědictví – Zlenice (původně Nadace pro záchranu hradu Zlenice) a v dobré spolupráci s ním.
Nutnost provedení záchranného předstihového archeologického výzkumu prvé brány jádra hradu Zlenice (zkoumaná plocha označena jako sonda 1) byla vyvolána špatným statickým stavem zříceniny objektu, který hrozil rozsáhlou destrukcí. Z tohoto důvodu byla započata opatření k jeho statickému zajištění, komplikovaná špatným stavem zcela zvětralé a místy již i chybějící podložní skály. Projekce i provedení statických zásahů si vyžádaly odstranění historického nadloží v interiéru brány a před jejím čelem, aby bylo možno zajistit poškozené zdivo a místy i podezdít dnes ve vzduchu se nacházející základovou spáru.
Výzkum v srpnu 1999 (Durdík – Kašpar 2000 a; 2000 b; Durdík 2001; 2003 a; 2004 a; Durdík – Kašpar 2004; 2005) proběhl ve spolupráci se Sdružením pro ochranu kulturního dědictví – Zlenice za vedení T. Durdíka a V. Kašpara.
Výzkum objasnil základové poměry torza subtilní branské věže a významnou měrou přispěl i k rekonstrukci její podoby a provozu.
Věž byla od počátku vybavena evidentně provozním suterénem. Proto byla pro její stavbu do skalního podloží, které klesalo do příkopu, vysekána velká jáma. Takto vzniklý suterén (vlčí jáma) byl po celou dobu života brány udržován čistý. Tento požadavek nepochybně vyplynul z provozních důvodů. Uvedená skutečnost spolu se zjištěnou podobou torza čelní zdi umožňují rekonstruovat situaci tak, že brána byla vybavena kolébkovým padacím mostem, jehož vnitřní rameno tvořilo podlahu průjezdu.
Zjištěná kubatura mazanice v destrukčních vrstvách je pak zjevně pozůstatkem horního dřevěného (roubeného či hrázděného) patra nebo polopatra.
Téměř všechny zkoumané vrstvy souvisely se zánikem hradu a rozpadem jeho konstrukcí v následujících obdobích.
Ze sondy 1 získaný archeologický materiál byl prvým stratifikovaným materiálem z hradu a svým složením odpovídal před zahájením výzkumu získaným souborům. Jeho souvislost se zánikovým horizontem je jedním ze současných příspěvků k nezbytné výrazné revizi datování posázavské keramiky (výskyt vysokých, prožlabených okruží na hrubé, makroskopicky ostřené a oxidačně pálené keramice „východního Pražska“ do doby po polovině 15. století). V souboru registrujeme i fragment luxusní červeně malované stolní keramiky a k dokladům vysoké sociální úrovně hradu náleží i ojedinělé plasticky a rytinou zdobené bronzové (?) kování, které si zaslouží další detailní pozornost.