Výzkum v roce 2001
Výzkum v roce 2001 (Durdík – Kašpar 2002 a; 2002 b; 2992 c; Durdík 2003 c; 2003 d) řešil sondou 4 především velké a mimořádně nešťastné nezákonně provedené narušení v severovýchodní části jádra, které na Zlenicích představuje nejzávažnější a nejrozsáhlejší zásah tohoto druhu do archeologických terénů. Výzkum dále pokračoval zjišťovací sondáží v prostoru zaniklé druhé (sonda 5) a třetí (sonda 6) brány jádra. Zde jeho výsledky mají posloužit k vhodnému řešení nástupu do jádra od prostoru již v letech 1999–2000 zkoumané prvé brány. Výzkum v srpnu 2001 proběhl ve spolupráci se Sdružením pro ochranu kulturního dědictví – Zlenice za vedení T. Durdíka a V. Kašpara.
Sonda 4 ukázala překvapivě složitý a komplikovaný stavební vývoj této části hradu. Na jeho počátku stála stavba hlavní obvodové zdi jádra (mimo plochu sondy 4) a po zřejmě nevelkém časovém odstupu následovala stavba zdi parkánové. V tělese parkánu se uložily nálezově bohaté vrstvy z doby stavby hradu na počátku 14. století a životní nečistoty. Velký násypový destrukční kužel nejspíše odpovídá stavebním úpravám nejasného charakteru v jádře a při této příležitosti vyvezené suti. Poté se opět ukládaly vrstvy životních nečistot zakončených výraznou požárovou vrstvou. Následně byl do těchto vrstev vyhlouben základový vkop pro pilíř přiložený k parkánové hradbě. Pilíř je možno nejspíše spojovat s můstkem k prevétu. Do zánikového horizontu se uložilo ještě několik velmi nálezově bohatých vrstev s materiálem 15. století a stopami ohně. Zánikový horizont opět s požářištěm odpovídá zničení hradu v prvé polovině 60. let 15. věku, po němž následovaly velké destrukce zděných konstrukcí.
Sonda 5 ležela téměř celou svou plochou v prostoru před čelem druhé brány jádra. Její portál se nedochoval a práh musel ležet těsně nad úrovní současného terénu. Mohou to napovídat i další skutečnosti – niveleta třetí brány a poloha střílnovitého otvoru ve stěně věže. K zmíněnému portálu musela vést dřevěná přístupová konstrukce od prvé brány jádra nejspíše ukončená padacím mostem. Sonda se pohybovala v prostoru „příkopu“ pod ním, a proto její výplň beze zbytku tvořila destrukce z doby po zániku hradu. Klesající skalní podloží neumožňovalo příliš ukládání vrstev nečistot. Přiložení zdi brány na spáru k velké věži je dokladem stavební fáze či spíše mikrofáze. Interval mezi oběma stavebními činnostmi poměry v sondě neumožnily posoudit. Poněkud překvapující je kontrast oble vyzděného odkrytého východního nároží brány s jejím dochovaným pravoúhlým západním nárožím.
Sonda 6 výrazně přispěla k poznání terénních poměrů i řešení komunikačního schématu jádra hradu. Potvrdila v plném rozsahu velmi neobvyklé přizdění dvou stěn věže na spáru. Časový interval mezi oběma stavebními aktivitami nebylo možno posoudit. Sonda přinesla i důležité informace k podobě třetí brány jádra a poskytla tak základní nivelety pro řešení komunikačního schématu. V sondě byl nalezen i prvý jednoduchý tesaný architektonický prvek z hradu (Zavřel 2001).
Mimořádně závažným přínosem výzkumu v roce 2001 bylo získání nálezů z počátků hradu v sondě 4, které je možno datovat na samý počátek 14. století (s možností i eventuální starší datace). Z toho vyplývá, že historickou zprávu z roku 1318 je nutno spojovat již s dnešním hradem a odpadl tak interpretační směr, který se ji snažil přičíst protilehlému Hradu u Čtyřkol (Durdík 2007), který by tak byl chápán jako prvá fáze Zlenic. V nálezovém fondu se vyskytly i kvalitní až luxusní předměty (např. zřejmě zlacená agrafa).